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根据中共上海市科学技术工作委员会《关于表彰市科技系统优秀共产党员、优秀党务工作者、先进基层党组织的决定》、《关于表彰市科技系统“双创双建”党建项目十佳优秀案例、十佳特色案例的决定》，高研院获上海市科技系统集体和个人多项荣誉。
蛋白质设施支部委员会“科创双结对，聚力共发展”主题党日荣获上海市科技系统“双建双创”党建项目十佳特色案例；上海光源中心束流测量与控制技术部主任冷用斌获上海市科技系统优秀共产党员荣誉称号；纪检监察主管、机关党支部纪检委员蒋巍获上海市科技系统优秀党务工作者荣誉称号。
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