为了激励研究生勤奋学习，创新进取，发现和奖励优秀年轻人才，促进我国科学事业的发展，特设立中国科学院院长奖。中国科学院院长奖分为院长特别奖和院长优秀奖两种。每年设特别奖50名，奖励额度5000元人民币/人；优秀奖300名，奖励额度2000元人民币/人。